Vleermuizen hebben geen natuurlijke vijanden. Hun grootste vijand is de mens. Zo vormt bijvoorbeeld het kappen van holle bomen een ernstige bedreiging voor vleermuizen die graag in bomen huizen.
In Vlaanderen zijn vleermuizen bij Koninklijk Besluit (22 september 1980, BS 31 oktober 1980) beschermd zijn? Niet alleen is het verboden om deze dieren te bejagen, te vangen of te doden, ook hun woon- of schuilplaatsen mogen niet beschadigd of met opzet verstoord worden.
Daarnaast werden internationale verdragen door België ondertekend en bekrachtigd. Vooreerst is er de Bern Conventie van 1979. Deze zorgt voor de instandhouding van de in het wild voorkomende dier- en plantensoorten, alsook voor hun natuurlijke leefmilieu. Alle vleermuizen in Europa worden hierbij vermeld als streng beschermde diersoorten.
In hetzelfde jaar volgde de Bonn Conventie welke een speciale bescherming geeft voor migrerende diersoorten. In het kader van deze conventie werd in 1991 een specifieke overeenkomst opgemaakt voor de bescherming van vleermuizen in Europa, het zogenaamde Bat-agreement.
En tenslotte kunnen we de Habitat Richtlijn van de Europese Unie (richtlijn 94/43/EEG) vermelden. Deze richtlijn spitst zich toe op de instandhouding van de biologische diversiteit, natuurlijke leefgebieden en de wilde dier- en plantensoorten. Verschillende vleermuissoorten zijn in de lijst opgenomen van diersoorten die strikt moeten beschermd worden.
Helaas kunnen al deze wetten niet verhinderen dat de meest vleermuissoorten de laatste jaren sterk achteruitgaan. In Vlaanderen staan maar liefst 13 van de vleermuissoorten op de Rode Lijst van de bedreigde zoogdieren. De vleermuizenwerkgroep van Natuurpunt vzw staat voor een nieuwe aanpak. Deze werkgroep ijvert niet alleen voor een betere bescherming van de geschikte winterverblijven, maar ook voor het in stand houden van typische landschappen en het vrijwaren van jachtterreinen voor vleermuizen.